El trazado urbano es único para las ciudades coloniales españolas en las Américas, ya que su plan de ciudad se dividió desde el principio en dos secciones distintas: una rectilínea y destinada a los colonos españoles y la otra compuesta por calles más pequeñas y sinuosas donde vivía la población indígena.
Tras la construcción, la ciudad asumió rápidamente un doble papel fundamental en la estructura hacia el sureste, que tuvo que ser atravesada para llegar a la capital de la Nueva España y al mismo tiempo fue el límite entre las tierras del sur, gradualmente colonizadas por los españoles, y la región norte, que estaba bajo el control de pueblos nómadas hostiles como los chichimecas.
Los diferentes elementos urbanos que conforman la Zona de Monumentos Históricos de Querétaro están presentes dentro de la propiedad inscrita. Estos incluyen su diseño, sus plazas, espacios abiertos como la Alameda, barrios, el acueducto, monumentos y fuentes, y la construcción civil y religiosa, que forman un todo armonioso, con gran consistencia, unidad e integridad urbana.