Huimilpan pertenece a la zona metropolitana de Querétaro capital, está ubicado al sur del estado y limita con Corregidora al oeste, con Querétaro y El Marqués al norte, con Pedro Escobedo y San Juan del Río al este, con Amealco al sureste y con los estados de Guanajuato y Michoacán al sur. El parque nacional Cimatario está al norte, en el límite con el municipio de Querétaro, lo mismo que Mundo Cimacuático, parque recreativo manejado por el estado con zona balnearia y para campamento.